健康診断は勤務時間扱い？労務担当が知っておきたい基本的な考え方

「従業員の健康診断を勤務時間内に受診させるべきか、それとも休日に受診させるべきか」「受診中の時間は給与を支払う必要があるのか」——健康診断の時期が近づくたびに、このような勤怠扱いの判断に悩む人事・労務担当者は少なくありません。

健康診断の実施は労働安全衛生法に基づく企業の義務ですが、その「受診時間に対する給与支払い義務」については、健康診断の種類によって法律上の取り扱いが異なります。曖昧なルールのまま運用を続けると、従業員の不満を招くだけでなく、受診率の低下による安全配慮義務違反などの重大な労務リスクにつながる恐れがあります。

本記事では、健康診断における「勤怠・出席扱い」の基本的な考え方と法的根拠をはじめ、休日受診やパート・アルバイトへの対応、二次検査の取り扱いに至るまで、労務担当者が知っておくべき実務判断の基準を論理的に解説します。

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企業の健康診断における「勤怠・出席扱い」の基本的な考え方と法的根拠

健康診断の受診時間を「労働時間」として扱い、給与を支払うべきかどうかの結論は、実施する健康診断が「一般健康診断」か「特殊健康診断」かによって明確に異なります。

結論：一般健康診断は「労使協議」、特殊健康診断は「労働時間扱い」

労働安全衛生法により、企業には従業員に対して健康診断を実施する義務があり、従業員には受診する義務があります。しかし、受診にかかる時間に対する「給与支払い義務」の有無は、法律上以下のように整理されています。

• 一般健康診断：賃金の支払いは「労使間の協議」によって定める（法的な支払い義務はなし）
• 特殊健康診断：賃金の支払いが必要（当然に労働時間として扱われる）

労働安全衛生法と行政解釈（基発第602号）の法的根拠

この判断基準の根拠となっているのが、厚生労働省の行政解釈（昭和47年9月18日 基発第602号）です。

行政解釈によれば、一般健康診断は一般的な健康の確保を目的とするものであり、業務遂行との直接の関連において行われるものではない、とされています。そのため、受診時間を労働時間として扱う法的な義務はなく、ノーワーク・ノーペイの原則に従い、無給としても違法ではありません。ただし、円滑な実施のために「受診に要した時間の賃金を事業者が支払うことが望ましい」という見解が示されています。

一方、特殊健康診断（有害な業務に従事する労働者を対象とした健診）は、「労働者の健康確保にあたって、業務遂行に不可欠なもの」と位置付けられています。つまり、業務そのものに起因して必要となる健診であるため、当然に労働時間として扱われ、給与支払い義務が生じます。

担当者が整理すべき社内の運用基準

労務担当者は、この「一般健診と特殊健診の法的な違い」を正しく理解しておく必要があります。特殊健康診断を実施している企業では、その受診時間を労働時間から除外（無給扱い）することは違法となるリスクがあるため、対象者の勤怠管理には細心の注意を払わなければなりません。

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一般健康診断の受診時間を「有給・労働時間扱い」とすべきかの判断基準

前述の通り、一般健康診断の受診時間を無給（給与控除）とすることは法律上可能です。しかし実務においては、大半の企業が一般健康診断の受診時間を「勤務時間扱い（有給）」として運用しています。そこには経営的・労務的な明確な合理性が存在します。

結論：法的義務はなくても「勤務時間扱い（有給）」とするのが合理的な選択肢

法的義務がないにもかかわらず、多くの企業が一般健診を勤務時間扱いとし、給与保障を行う最大の理由は、「企業の安全配慮義務の履行を確実にするため」です。

労働契約法第5条により、企業は従業員がその生命や身体等の安全を確保しつつ労働できるよう配慮する「安全配慮義務」を負っています。健康診断はこの義務を果たすための最も基本的な手段です。

無給扱いが招く「受診率低下」と労務トラブルリスク

もし一般健康診断の受診時間を無給とした場合、従業員は「受診するほど給与が減る」「貴重な休みが削られる」と感じ、受診を後回しにしたり、受診を拒否したりする「受診控え」が発生しやすくなります。

受診率が低下し、未受診のまま放置された従業員が業務中に倒れたり、深刻な健康障害を引き起こしたりした場合、企業は「安全配慮義務違反」として多額の損害賠償を請求されるリスクを背負うことになります。

ノーワーク・ノーペイ原則と安全配慮義務の調和

経営陣から「法律上義務がないなら無給（ノーワーク・ノーペイ）にすべきではないか」と問われた際、労務担当者は「受診率100%を達成し、将来的な労務リスク（損害賠償や休職による労働力低下）を未然に防ぐための必要なコストである」と説明することが重要です。受診時間を有給扱いとすることは、従業員の健康を守ると同時に、会社自身を守るための強固な防衛策となります。

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移動時間・休日受診・シフト外受診時の勤怠処理マニュアル

実務現場で最も問い合わせやトラブルが発生しやすいのが、定時外での受診や移動時間など「非定常な受診シチュエーション」での勤怠扱いです。ここでは具体的な処理手順を解説します。

指定医療機関への「移動時間」を労働時間としてカウントする条件

会社が特定の医療機関を指定し、業務時間内に受診するよう「業務命令」として指示した場合、会社から医療機関への往復の移動時間は会社の指揮命令下に置かれているとみなされ、「労働時間」として扱うのが原則です。

一方で、従業員が自由に医療機関を選択でき、休日に直行直帰で受診するようなケースでは、移動時間を労働時間に含めない運用が一般的です。

休日や勤務時間外に受診させた場合の割増賃金（36協定）

一般健康診断を休日に受診させる場合、それが従業員の任意の受診であれば労働時間には該当せず、割増賃金は発生しません。しかし、会社が「休日受診」を業務命令として強制した場合は、受診に要した時間は使用者の指揮命令下に置かれた「労働時間」として扱われます。

この場合、受診を命じた日が労働基準法上の『法定休日（週1日または4週4日）』であれば、35%以上の割増賃金（法定休日労働）の支払いが必要です。一方、受診日が『所定休日（週休2日制における法定休日以外の休日など）』であり、受診時間を含めて週の法定労働時間（40時間）を超える場合には、25%以上の時間外割増賃金の支払いが必要となります。

トラブルを避けるためには、原則として「所定労働時間内」に受診させるか、休日に受診させる場合は別の日に「振替休日」を付与する運用を推奨します。特殊健康診断については業務遂行に不可欠であるため、必ず所定労働時間内に実施するか、時間外に行う場合は時間外労働としての割増賃金の支払いが必要です。

パート・アルバイトやシフト制社員における給与計算ルール

パート・アルバイトなどの短時間労働者（一定の基準を満たす社会保険加入者など）に対しても、企業は健康診断を実施する義務があります。この際、「正社員の受診時間は有給とするが、パートの受診時間は無給とする」といった運用は、「同一労働同一賃金」の観点から不合理な待遇格差とみなされるリスクがあります。

雇用形態にかかわらず、健診に要する時間はシフト上の勤務時間とみなす、あるいは実労働時間として時給を支給するなど、公平で一貫した勤怠管理ルールを適用することが重要です。

再検査・二次検査（精密検査）における労務管理と費用・勤怠の扱い

一次健診の結果、異常所見が見つかった従業員に対する「再検査・二次検査（精密検査）」の取り扱いは、一次健診とは構造が異なります。

結論：二次検査は個人の疾患治療・診断の側面が強いため、給与保障や受診強制の法的義務はない

一次健診は企業の義務ですが、二次検査の受診は原則として「従業員個人の私病に対する治療・診断行為」という性質を持ちます。そのため、労働安全衛生法上、企業に二次検査の実施義務や費用の負担義務、受診時間の賃金支払い義務は規定されていません。そのため、特段の社内規定（福利厚生や特別休暇制度など）がない限り、二次検査の時間は「私用での欠勤（または有給休暇の消化）」とし、費用は「自己負担」となるケースが一般的です。まずは自社の就業規則や健康診断規程を確認しましょう。

「受診勧奨義務」と「業務命令権」の境界線

法的な強制力はないとはいえ、異常所見を放置して労働者を就業させ、健康状態が悪化した場合は、再び企業の「安全配慮義務違反」が問われます。

したがって企業は、「受診を強制（業務命令）することはできない」ものの、「強く受診を勧奨（促す）する義務」を負っています。実務上は、産業医からの意見聴取をもとに、対象者に対して書面やメールで受診勧奨を行い、その記録を会社として残しておくことが重要です。

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検査費用の会社負担義務の有無と助成金制度の活用

費用は原則自己負担ですが、受診率を上げるための労務サポートとして、二次検査費用の一部または全部を会社が負担する、あるいは受診のために「特別有給休暇（半休など）」を付与する企業も増えています。 また、加入している健康保険組合（協会けんぽ等）によっては、二次検査（特定保健指導など）に対する助成金や無料制度が用意されている場合があります。担当者はこれらの制度を社内に周知し、金銭的・時間的ハードルを下げる工夫が求められます。

労務トラブルを防ぐ「就業規則の記載例」と健診運用フローの構築

これまでに解説した法的原則と社内ルールを確実に機能させるためには、就業規則や健康診断規程に明文化し、曖昧な運用を排除することが不可欠です。

健康診断規程・就業規則に盛り込むべき必須条項（記載例）

勤怠扱い、費用負担、従業員の受診義務について、就業規則には以下のように明確に記載します。

【就業規則の記載例】 （健康診断） 第〇条 会社は、従業員に対し、毎年１回（特定の業務に従事する者については年２回）、定期健康診断を実施する。 ２ 従業員は、正当な理由なく前項の健康診断の受診を拒否してはならない。 ３ 一般健康診断の受診に要した時間および会社が指定した医療機関への移動時間は、所定労働時間とみなし、通常の賃金を支払う。 ４ 健康診断の受診にかかる費用は会社の負担とする。ただし、従業員の希望により追加したオプション検査等の費用、および二次検査の費用は全額従業員の自己負担とする。

受診証明書の提出ルールと事前申請フローの標準化

会社が指定した日時に一斉受診する巡回健診以外の場合（従業員が各自で医療機関を予約するケース）は、「いつ・どこで受診するか」の事前申請フローを整えます。また、受診時間が確実に労働時間としてカウントされるよう、受診後は領収書や「受診完了証明書（または結果票の写し）」の提出を必須とし、勤怠システム上の打刻と照合する仕組みを構築しましょう。

正当な理由なく受診を拒否する未受診者への段階的対応プロセス

健康診断を受診することは従業員の義務（自己保健義務）です。正当な理由なく受診を遅延・拒否する社員に対しては、以下の段階的な労務対応プロセスを実行します。

1. 警告と勧奨：期限超過者に対し、直属の管理職および人事から口頭・メールで受診を促す（記録を残す）。
2. 業務指示（命令）：それでも受診しない場合、就業規則に基づく明確な「業務指示」として書面で受診を命じる。
3. 懲戒の検討：業務指示にも従わない場合、就業規則の懲戒事由（業務命令違反）に該当するとして、譴責（けんせき）や減給などの懲戒処分を検討する旨を通達する。

「健康診断の勤怠扱い」に関する方針を法的根拠に基づき正しく設計し、就業規則に落とし込むことで、人事・労務担当者は迷いなく日々の実務を遂行できるようになります。従業員の健康を守ることは、企業の持続的な成長を守ることそのものです。まずは自社の現状の規定と運用フローを見直し、法的に正しい状態にアップデートすることから始めてみてはいかがでしょうか。

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【出典・参考】

• 出典：「労働安全衛生法に基づく健康診断を実施しましょう」（厚生労働省）
• 出典：厚生労働省行政解釈（昭和47年9月18日 基発第602号）